L’associazione RFA è presente con un’organizzazione orizzontale articolata in sette diversi gruppi operativi:

Sezione Lario (Risorse storiche delle Prealpi Lombarde)
Impegnato nei progetti Valle San Martino, Cornate, Garlate, Monte Barro, triangolo Lariano, Val d’Intelvi. 


Sezione Garda
Svolge attività di ricerca nel territorio gardesano veneto - lombardo.


Sezione Trento
Attività nel campo della ricerca teorica e della divulgazione di temi afferenti l’Archeologia dell’Architettura e l’edilizia storica. 


Sezione Treviso (attiva dal 2010)
Attività nel campo della ricerca teorica e della divulgazione di temi afferenti l’Archeologia, l'Archeologia dell’Architettura e l’edilizia storica


Sezione Padova (attiva fino al 2000)
A ttività nel campo della ricerca teorica e della divulgazione di temi afferenti l’Archeologia dell’Architettura e l’edilizia storica. 


Sezione Ceramis
Promuove il confronto su temi inerenti lo studio e la diffusione delle ceramiche tardoantiche e altomedievali nell’Italia settentrionale. 


Sezione Aerofotointerpretazione
Ricerche territoriali in funzione dell’identificazione di siti scomparsi, anche a supporto e in relazione dell’attività degli altri gruppi.